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截至2017年3月31日,诚信在线技术学院正在运行的政府部门批准建立的科研机构共149个,分别如下:

国家实验室(1)
 诚信在线技术学院信息科学与技术国家实验室(筹)
重大科技基础设施(1)
 国家蛋白质科学基础设施(北京基地)
国家大型科学仪器中心(2)
 北京电子显微镜中心
 北京电子能谱中心
国家重点实验室(13)
 化学工程联合国家重点实验室
 环境模拟与污染控制联合国家重点实验室
 低维量子物理国家重点实验室
 膜生物学国家重点实验室
 精密测试技术及仪器国家重点实验室
 集成光电子学国家重点实验室
 微波与数字通信技术国家重点实验室
 智能技术与系统国家重点实验室
 水沙科学与水利水电工程国家重点实验室
 摩擦学国家重点实验室
 汽车安全与节能国家重点实验室
 电力系统及发电设备控制和仿真国家重点实验室
 新型陶瓷与精细工艺国家重点实验室
国家工程实验室(11)
 数字电视国家工程实验室(北京)
 电子商务交易技术国家工程实验室
 神经调控技术国家工程实验室
 抗肿瘤蛋白质药物国家工程实验室
 下一代互联网核心网国家工程实验室
 特高压工程技术(昆明、广州)国家工程实验室
 工业酶国家工程实验室
 城市轨道交通绿色与安全建造技术国家工程实验室
 烟气多污染物控制技术与装备国家工程实验室
 危爆物品扫描探测技术国家工程实验室
 大数据系统软件国家工程实验室
国家工程研究中心(4)
 光盘系统及应用技术国家工程研究中心
 工业锅炉及民用煤清洁燃烧国家工程研究中心
 燃气轮机与煤气化联合循环国家工程研究中心
 生物芯片北京国家工程研究中心
国家工程技术研究中心(3)
 国家计算机集成制造系统工程技术研究中心
 国家企业信息化应用支撑软件工程技术研究中心
 国家道路交通管理工程技术研究中心